Le Vuache dans sa totalité est inscrit sur la carte des sensibilités du département établie en 1986. Il est depuis 2003 intégré au Réseau Ecologique Départemental (RED).
La montagne fait partie de la grande Zone d’Intérêt Communautaire pour les Oiseaux » Haute chaîne du Jura » (ZICO RA 14), qui englobe également le défilé de l’Ecluse et l’Etournel.
La Montagne du Vuache et le Mont de Musièges sont inventoriés comme Zone Naturelle d’Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) de Type 1, sous le numéro régional 01060016. La ZNIEFF s’étend sur les communes de Chaumont, Chevrier, Savigny et Vulbens sur une surface de 1 771,34 ha.
D’autre ZNIEFF de type I concernent également le territoire :
- ZNIEFF n°74120002 ou « Friche à molinie sur argile avec localement du choin de Pré Jarvan ». Elle se trouve sur la commune de Chaumont où elle couvre une surface de 1,31ha.
- ZNIEFF n°74000017 ou « Marais alcalin de pente au sud de la route de Bloux». Elle se situe sur la commune de Dingy-en-Vuache où elle a une surface de 2ha.
- ZNIEFF n°74120004 ou « Les zones humides de la base du Vuache». Les communes concernées sont Chaumont, Chessenaz et Clarafond- Arcine où elle s’étend sur 34,82ha.
- ZNIEFF n°74000001 ou « Prairies sèches et pinède sur argile du Tremblay». Elle se situe sur la commune de Clarafond-Arcine et s’étend sur une surface de 2,22ha.
- ZNIEFF n°01060019 ou « Prairie de Champ Vautier» Elle se situe sur la commune de Chevrier et s’étend sur une surface de 99 ha.
Sur la commune de Chevrier, une bande montant sur le flanc de l’extrémité septentrionale du Vuache, du Rhône jusqu’à l’oratoire Ste Victoire, est comprise dans le site classé SC012 du « Défilé de l’Ecluse » (6 novembre 1946).
Des réserves de chasse ont été mises en place sur le territoire de chacune des communes et celle de Chaumont prend place sur le flanc occidental de la montagne.
En 1992, les Maires des six communes riveraines du massif ont pris des arrêtés municipaux pour interdire la circulation des véhicules à moteur sur les chemins desservant la montagne. En 2003, six arrêtés municipaux interdisent la divagation des chiens et obligent leur propriétaire à les tenir en laisse du 1er mars au 30 juin.
Le 23 mars 2005, le Préfet de la Haute-Savoie a mis en place un Arrêté de Protection de Biotope, interdisant tout équipement des falaises du « Versant ouest du massif du Vuache » à des fins d’escalade (APPB103). Surface : 323 ha. Le périmètre a été étendu en 2008 (+ 39ha).
Le 19 janvier 2009 un autre arrêté préfectoral a vu le jour sur la commune de Chevrier (DDEA-2009.32) pour protéger le biotope de « Champ Vautier ». Surface : 1.43 ha.
Enfin, le ministre de l’Ecologie et du Développement Durable signait :
- le 24 avril 2006 l’arrêté portant désignation du site Natura 2000 du MASSIF DU MONT VUACHE au titre de la Directive “ Oiseaux ” (ZPS FR8212022) et
- le 17 octobre 2008 l’arrêté ministériel de désignation au titre de la Directive “ Habitats ” (SIC FR8201711).
